вилка i3 gaps еще не восстанавливает рендеринг. Рендеринг границ не будет "фиксироваться" сопровождающим i3-wm, так как это, во-первых, tiling wm и не является для него критичным.
при использовании config из gaps fork of i3-wm необходимо комментировать/удалять опции в .i3/config, что нормальный i3-wm не имеет таких, как
gaps inner X
gaps outer X
ошибки, которые вы ссылаетесь, должны быть уведомлены в i3-nagbar - красный док-станции в верхней части дисплея отображаются две кнопки "Показать ошибки" и "редактировать конфигурация." Clickkng показать ошибки кнопка должна открыть * терминал и показывает лог что не так в конфиге.
*) если нет, i3-sensible-terminal неправильно идентифицирует ваш эмулятор терминала - простой способ-установить переменную окружения $TERMINAL или установить какую-либо другую. точный приоритет проверки терминалов, которые можно открыть из i3-sensible-terminal is: переменная среды $TERMINAL, затем исполняемые файлы: x-terminal-emulator (debian & производные),urxvt,rxvt,terminator,eterm, aterm,gnome-terminal,roxterm,xfce4-terminal